Az 1949. augusztus 31-i államosítással az iskola megszűnni látszott. A II. világháborút követően kikerült a tantervből a hitoktatás, pedagógusi tevékenységétől eltiltották dr. Jandik József hittanárt, a Regnum Marianum házfőnökét. Korlátozott keretek között dolgozhatott a tudós dr. Szalay Gyula, a magyar történelem és az iskolatörténet kutatója és ismerője (máig a legalaposabb iskolatörténeti munka szerzője). Megszüntették az 5. KEG cserkészcsapatot, melynek vezetője, Velősy Béla térképésztiszt önzetlen fáradozásával igyekezett az „emberibb ember és magyarabb magyar” gondolatát megvalósítani. Az államosítást követően nyugdíjba vonult Szabó Kálmán igazgató, aki 1940 óta állt az iskola élén, és szerzett a válságos időkben elévülhetetlen érdemeket az ifjúság nevelésében.
Az összetartozás érzése azonban még az államosítással sem szűnt meg, és a szentmisével egybekötött iskolatalálkozóra minden június második vasárnapján sor került a budavári Nagyboldogasszony-templomban. A hagyományőrzésben hatalmas feladatot vállalt Szerdahelyi Andor, a gimnázium egykori tanára, aki a II. Rákóczi Ferenc Gimnáziumon belül megalakítva a „Szalay Gyula Önképzőkört”, folytatta az iskolatörténeti anyag gyűjtését, rendszerezését, és a munkába bevonta tanártársát, Nagy Istvánt, az 1997-es újjáindulás utáni első igazgatót is.
Budavári Nagyboldogasszony Templom
Az újjászervezés lehetőségét a rendszerváltás hozta meg az Egyház jogainak helyreállításával. Az iskola jelentőségének ismeretében az épületet az 1991. évi XXXII. törvény alapján, ugyanezen év nyarán elsőként igényelte vissza a területileg és jogilag illetékes Budapest-Esztergomi Főegyházmegye. A Fővárosi Önkormányzat az intézet államosítás előtti jogállását bíróság előtt kívánta tisztázni 1992-ben. A csaknem két évig húzódó eljárás során először Budapest Főváros, majd a Magyar Köztársaság Legfelsőbb Bírósága is kimondta az iskolaépület iránti egyházi igény törvényességét. Az intézet jogi rehabilitálása ily módon 1994 januárjában megtörtént.
A pereskedést követően 1997. február 7-i keltezéssel kiadásra került dr. Paskai László bíboros prímás, esztergomi érsek aláírásával az eredeti alapító okiratot módosító-aktualizáló okirat, amely többek között rögzítette, hogy az iskola neve Budapesti Egyetemi Katolikus Gimnázium, és az iskola a Magyar Katolikus Egyházon belül működő jogi személy.
Az oktatás 1997-ben indult újjá, eleinte „társbérletben” az itt működő szakközépiskolával, majd diákjaink és tanáraink 2000-ben végre az egész épületet birtokba vehették. Ezzel az iskola mindig is létező szellemisége és filozófiája hazatért eredeti otthonába. A jövő pedig innentől – rajtunk múlik.
