1686-ban a Lotharingiai Károly herceg vezette egyesült keresztény seregek visszafoglalták Buda várát a törököktől, és az a 145 éves megszállás után visszatért a magyar királyság jogara alá. Szécheny György esztergomi érsek 1687. március 19-én három budai tanintézet alapítólevelét írta alá, melyeknek létrehozására és működésére – magánvagyonából – 700.000 forintos alapítványt tett. A három oktatási intézmény egyike volt az Academicum et Universitatis Collegium, magyarul Főiskola és Egyetemi Gimnázium.
Ez az idős főpap – a Nagyszombaton egyetemet alapító Pázmány Péter tanítványa – okos pénzügyi politikával nagy vagyonra tett szert. Több millió forintot kitevő alapítványai között említést érdemel az Esztergomban, Győrben, Sümegen, Sopronban, Kőszegen, továbbá számos felvidéki városban létrehozott megannyi jezsuita kollégium, iskola, papi szeminárium vagy éppen idősek otthona. Figyelemre méltó, hogy Bécs 1683. évi török ostroma alkalmából 61.000 forinttal járult hozzá a védelem költségeihez, jelentős szerepet vállalva abban, hogy a kifizetetlen zsold miatt a császári fővárost elhagyni készülő zsoldosokat Sobieski János lengyel király hadainak megérkeztéig vissza tudták tartani.
Ami azonban talán még bőkezű adományainál is fontosabb: Szécheny György alapozta meg családjában azt a szellemiséget, melynek lényege a keresztény alapokra épülő, önzetlen hazaszeretet. Ez a család adta a nemzetnek gróf Széchényi Ferencet, a Magyar Nemzeti Múzeum megalapítóját, fiát, gróf Széchenyi Istvánt, a „legnagyobb magyart” és még számos tudós és közéleti személyiséget, köztük gróf Széchenyi Zsigmond Afrika-kutatót, iskolánk egykori növendékét.
Amikor az alapító érsek 1695-ben meghalt, személyes vagyona mindössze 8 forint, 4 szék, egy asztal, egy láda és egy ágy volt.
A Pozsonyban kiadott alapítólevél megteremtette a gimnázium működésének anyagi feltételeit. A fizikai feltételek megteremtését a jezsuita papok vállalták magukra. Az első iskolaépület a Nagyboldogasszony (Mátyás) templomtól északra, a mai Hilton Szálloda helyén állt (emlékét az épület falán elhelyezett emléktábla őrzi). Az épület a török időkben működő vallási főiskola (medresze) romjaiból épült újjá, és ebben az időben még közvetlenül hozzá volt építve a templomhoz.
A gimnáziumi oktatás mindjárt a második évben öt osztályban folytatódott, bár a létszám nem haladta meg a negyvenet (az iskola a Rákóczi-szabadságharc idején szinte elnéptelenedett, mert a legtöbb diák beállt katonának). 1712-ben a gimnázium utolsó osztályát elvégző tanulók felsőfokú továbbképzése érdekében megnyílt az iskola kétéves filozófiai tanfolyama. Ez volt a legelső tulajdonképpeni akadémia a Magyar Királyság területén, amelynek elhelyezésére 1747-ben alig nyolc hónap alatt építették fel a hatalmas akadémiai épületeket. 1753-ban a folyamatos növekedés hatására a tanulói létszám már elérte a 788-at.
A jezsuita oktatási rendszer több évszázad tapasztalatait foglalta magában. Tevékenységük az egész magyarságot összefogó közszellemiséget hozott létre. Az optimista öntudatot hirdették, és a nevelés mellett komoly hangsúlyt fektettek a tudományok terjesztésére. Terjesztői voltak a latin műveltségnek és a barokk kultúrának is. A jezsuita atyák vezették be a Gimnáziumban az iskolai színjátszást (kezdetben latin, később már magyar nyelven), melynek keretében a diákok gyakran saját professzoraik darabjait adták elő.
1773-ban aztán Mária Terézia döntésére – a politikai elit jezsuitaellenességének is köszönhetően – eltörölték a rendet, a jezsuita tanárok egy részét nyugdíjazták, más részük pedig világi pap lett, biztosítva az oktatás folyamatosságát.
